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PyMOL PyMOL(三維分子模型軟件) V2.2.0 官方版 版本

  PyMOL 是一款專業可視化的三維結構顯示工具,支持多種圖像格式,包括pdb、sdf等,軟件提供了創建相應的分子動畫必備的工具,同時還可以實現自動插值,循環和光線跟蹤幀,圖像幀緩存,慢動作模擬等操作。

PyMOL

【功能亮點】

  統一的現代用戶界面

  PyQt接口取代TCL/TK和MacPyMOL在所有平臺上

  蟒蛇分布

  更好的第三方插件和自定義腳本支持

  開放存取激勵可執行文件

  自由評價政策

【軟件特色】

  1、提供了強大實用的繪圖工具

  2、PyMOL支持多種圖像格式,包括PDB、SDF

  3、生成的PyMOL結構可以導出到VRML

  4、PyMOL可以使用各種圖像表示方法顯示分子數據

  5、具有可定制的顏色,結構標簽,可調對象透明度,輸出和控制大小,自動縮放,文本覆蓋和可定制的鼠標控件

PyMOL

【使用教程】

  文件的打開有兩種方式:一種是將pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一種是從菜單欄File/Open打開文件。打開方式與大多數軟件相似,打開后的結果如下圖。

  更改模型的顯示方式。點擊all圖層上的H(Hide)標簽,隱藏所有的顯示方式對應的模型;點擊all圖層上的S(Show)標簽,選擇所需的模型顯示方式(這里選擇cartoon);點擊all圖層上的C(Color)標簽,更改模型著色方式,這里選spectrum,顏色選rainbow。下圖是更改顯示方式后的效果。

  鼠標對模型的操作。常用的鼠標操作方式如下表,選擇合適的顯示視角即可。

  鼠標操作方式:

  按下鼠標左鍵拖動:模型圍繞指針旋轉

  按下鼠標中鍵拖動:平移

  按下鼠標中鍵拖動:放大縮小

  圖片的渲染與導出。只需要在命令行輸入“ray 900,900”,隨后按回車鍵即可進行光影著色。這里的數字900是圖片的長和寬的像素數,根據需求自由設置。渲染完成后的效果如下(注意:此時點擊渲染好的圖片又會返回模型編輯模式)。

  最后,選擇file/Save Image As/PNG...即可導出圖片到指定位置。最終導出的模型的效果結果如下。

【命令語法】

  PyMOL> keyword argument

  但并不是所以命令都需要變量,比如退出命令,我們就可以直接輸入PyMOL>quit,然而需要變量的命令依舊占據了大多數,可以分為單變量命令和多變量命令,單變量命令指的是對于某些命令,我們只可以輸入一個變量,比如放大命令zoom,但是同時你會發現不加任何變量這個命令也可以被執行,這是因為PyMOL對單變量命令有一個默認的變量,對于放大命令zoom來說,all就是它的默認變量,即

  PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all

  多變量命令可以帶多個變量,比如說假如我想將對象的的顏色變為紅色,我們可以使用 PyMOL>color red這個命令,但是操作后我們會發現這樣的命令沒有辦法指定某一部分變色,于是我們可以選中我們需要的部分,采用以下的命令

  PyMOL>color green,sele

  這里的sele就是除了顏色以外的第二個變量。

PyMOL

【更新日志】

  V2.2.0(2018.7.24)

  新版特征:

  具有基本樣式(顏色、表示、標簽)的MAE出口

  群層次的MAE導出

  核酸誘變向導

  具有屬性的MAE導出

  圖形界面:

  對象菜單中的分組:A>組>…

  從序列查看器更新二級結構:右擊> SS>…

  原子右鍵單擊>對象>禁用其他

  開放源碼PyMOL更新:

  shaders移植和相關的圖形代碼從pymol:激勵

  改進的標簽:多線支持,背景顏色,連接器(_ *各種標簽設置)

  支持背景圖像(圖像文件名_ _ BG)

  透明(透明度_階獨立模式(3)

  固定棒_球設置

  “線”的碰撞與固定在低端的圖形驅動程序

  移動到GitHub的代碼庫

  bug修復:

  雙通配符選擇(A*B*C)https://sourceforge.net/p/pymol/bugs/209/

  APBS插件:4位坐標處理(例如x>=1000)

  SDF出口:不要寫零級債券

  批處理模式:https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/36301454/

  狀態之間的距離測量

軟件特別說明

標簽: PyMOL 三維模型 分子模型

其他版本下載

PyMOL(三維分子模型軟件) V2.2.0 官方版

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